Вселенная внутри нас. Как микробы обогащают наш взгляд на жизнь - Эд Йонг

243

Дерево, о которое поранился мальчик, все еще растет – в отличие от яблони Фрица. Дейл планирует к нему съездить и взять образец HS в естественной среде обитания. Тогда он сможет провести рискованный, но значимый эксперимент – ввести HS в насекомых в надежде, что получится создать новый, искусственный симбиоз.

244

Бактерии Sodalis удивительно хороши в деле подселения в клетки животных, и большую роль в этом играет чувство кворума – способность бактерий координировать действия в зависимости от их плотности и концентрации выделяемых ими сигнальных молекул. Члены научной группы Колина Дейла подселяли в долгоносиков мутантных Sodalis с нарушенным чувством кворума, и бактерии попросту убивали насекомых. Обычно же Sodalis по достижении определенной плотности отключают ряд генов, производящих летальные для хозяина белки, и затем хорошо с ним уживаются. Успех Sodalis как симбионтов в том, что они тонко чувствуют, когда нужно остановиться (Enomoto et al., 2017). – Прим. ред.

245

Дейл может их различить, потому что у разных вариантов – поселившихся, скажем, в мухах цеце и в долгоносиках – утрачены разные гены из полного набора, которым обладает HS. Они развились из похожих на HS предковых микробов, которых приручили независимо друг от друга.

246

Тли и передача микробов половым путем: Moran, Dunbar, 2006; мокрицы-каннибалы: Le Clec’h et al., 2013; белокрылки и сок растений: Caspi-Fluger et al., 2012; человек и заглатывание микробов с пищей: Lang et al., 2014; наездники как загрязненные шприцы: Gehrer, Vorburger, 2012.

247

Джон Дженайк помещал клещей, сосущих кровь одного вида плодовых мушек, на представителей другого вида. Разумеется, вскоре эти самые представители обзавелись микробами, обитавшими прежде лишь в организме мушек первого вида (Jaenike et al., 2007).

248

О зарождении новых симбиозов: Sachs et al., 2011; Walter, Ley, 2011.

249

Kaltenpoth et al., 2005.

250

Funkhouser, Bordenstein, 2013; Zilber-Rosenberg, Rosenberg, 2008.

251

Я как-то раз спросил у Фукацу, как он решает, над чем работать. Он призадумался, указал пальцем на воображаемую пылинку в воздухе и воскликнул: «Ага! Интересно!» А потом просто улыбнулся мне. Когда я задал тот же вопрос Мартину Калтенпоту, он ответил: «Я ищу вид, которым не занимается Такема, и говорю, что начал его исследовать». Статьи Такемы Фукацу о клопах: Hosokawa et al., 2008; Kaiwa et al., 2014; Hosokawa et al., 2012.

252

Pais et al., 2008.

253

Osawa et al., 1993.

254

Мягко говоря. Я опросил множество исследователей микробиома на тему того, к каким результатам они относятся наиболее скептически, и многие указали именно на эти.

255

Многие животные, обитающие под водой, выпускают своих симбионтов прямо в воду, чтобы у их личинок и детенышей их было достаточно. Гавайская эупримна, например, это делает каждое утро, на рассвете. Медицинская пиявка каждые несколько дней выделяет из кишечника слизь с высоким содержанием микробов, и ее привлекает слизь, выделенная другими пиявками (Ott et al., 2015). Некоторые виды круглых червей убивают насекомых, изрыгая в их кровеносную систему кучу ядовитых бактерий. Их личинки развиваются внутри мертвых насекомых и на определенном этапе пожирают симбионтов-убийц – они им еще пригодятся (Herbert, Goodrich-Blair, 2007).

256

Люди, живущие в одном доме: Lax et al., 2014; общительные бабуины: Tung et al., 2015; игроки в роллер-дерби: Meadow et al., 2013.

257

Мысли Ломбардо на эту тему (Lombardo, 2008) – лишь предположения, но их вполне можно проверить на практике. Если он прав, то окажется, что животные, получающие микробов из окружающей среды (как, например, гавайская эупримна) или по наследству (как, например, тля), с большей вероятностью ведут одиночный образ жизни. А вот у тех, которым микробы достаются от товарищей (термиты, к примеру), должна быть развита сложная социальная система, благодаря чему представители вида регулярно вступают друг с другом в тесную связь. Ученым, чтобы выяснить наверняка, понадобится нарисовать семейные древа разных групп животных, в которых есть как социальные виды, так и ведущие одиночный образ жизни (как клопы Фукацу, например), и узнать, всегда ли эволюция микробных союзов предшествует образованию больших групп. Насколько я знаю, пока этого не выяснил никто.

258

Первый эксперимент Фрауне: Fraune, Bosch, 2007; последовавшие за ним исследования, показывающие, как именно гидра выбирает себе нужных микробов: Franzenburg et al., 2013; Fraune et al., 2009, 2010; обзор исследований Боша: Bosch, 2012.

259

Bevins, Salzman, 2011; Ley et al., 2006; Spor et al., 2011.

260

Киты и дельфины: интервью с Эми Эпприлл; пчелиные волки: Kaltenpoth et al., 2014.

261

Симбионты пчелы: Kwong, Moran, 2015; Lactobacillus reuteri: Frese et al., 2011; эксперименты Ролза: Rawls et al., 2006.

262

Эндрю Бенсон, к примеру, выявил 18 участков генома мыши, влияющих на количество самых распространенных кишечных микробов у особи. Одни участки контролируют количество отдельных видов микробов, а другие – целых групп (Benson et al., 2010).

263

Статья была опубликована под фамилией Саган, взятой Маргулис после замужества (Sagan, 1967).

264

Margulis, Fester, 1991.

265

Впервые о хологеноме еще в 1980-х заговорил биотехнолог Ричард Джефферсон, но свои наблюдения он так и не опубликовал (Jefferson, 2010). В 1994 году он рассказал о своей теории на конференции – это было за 13 лет до того, как Розенберги независимо от него придумали то же самое и назвали так же.

266

Hird et al., 2014.

267

Рут Лей, к примеру, доказала, что гены человека не определяют состав нашего микробиома полностью, но зато оказывают заметное влияние на присутствие в нем определенных групп. Самая наследуемая бактерия у нас в организме – недавно обнаруженная Christensenella, которую мало кто знает