Обитатели земных глубин. О самых странных существах на планете - Карен Ллойд

18

Моя коллега Эмили Флеминг-Нейстер из Чикагского университета в шутку говорит, что сокращение PCR (ПЦР) расшифровывается как Pure Chance Reaction (“абсолютно случайная реакция”).

19

Исследования в области экологии микроорганизмов не имеют такой финансовой поддержки, которая позволяла бы делать большие технологические прорывы. Но исследования человеческого генома имеют. Спасибо вам, коллеги!

20

В Америке популярна детская игра, когда в бассейне один ребенок с закрытыми глазами пытается поймать других детей, выкрикивая “Марко”, тогда как остальные отвечают “Поло”. Эта же игра подходит для взрослых в состоянии алкогольного опьянения.

21

Слова из песни Мисси Эллиотт Work It, написанной в 2002 году. В случае ДНК это называют принципом обратной комплементарности, но думаю, если бы ДНК открыли после 2002 года, мы бы назвали это принципом “разворот-переворот”, поскольку песня великолепная.

22

К сожалению, нанопоровое секвенирование, избегая ошибок ДНК-полимеразы, используемой в методе Illumina, подвержено еще более ошибочному определению заряда. В настоящее время ученые часто используют сочетание этих двух методов: прочитывают длинные последовательности ДНК нанопоровым методом, а потом корректируют его ошибки благодаря прочтению той же последовательности методом Illumina. – Прим. науч. ред.

23

Некоторые мутации возникают из-за ошибок ДНК-полимеразы при копировании ДНК, как я описывала в предыдущей главе, но есть и другие причины: отдельные фрагменты ДНК случайным образом перекрещиваются друг с другом, нити ДНК разрезаются ферментами, а также повреждаются из-за ультрафиолетового излучения и активных химических веществ.

24

Майкл Бэй – американский кинорежиссер и продюсер, один из самых кассовых режиссеров в мире. – Прим. перев.

25

На момент написания книги ситуация не изменилась, но, быть может, в тот момент, когда вы запустите поиск, в базе данных NCBI уже будет информация о чистых культурах, и тогда вы увидите названия организмов.

26

Отметим, что в то время о существовании архей еще никто не знал. – Прим. науч. ред.

27

На самом деле многие растения и животные тоже используют бесполый способ размножения. Тля, поселяющаяся на садовых растениях, настолько преуспела в бесполом размножении, что может рождаться беременной! (Moran N. A. The evolution of aphid life cycles. Annu. Rev. Entomol. 37, 321–48 (1992).)

28

Это немного устаревший стандарт. Сейчас для разграничения видов используют показатель 98,7 %. – Прим. науч. ред.

29

Эти новые типы были названы Thermoplasmatota и Lokiarchaeota, и я хочу подчеркнуть, что мы были не единственными, кто их нашел, информация о них стала появляться по всему миру. В главе 9 я расскажу, как обнаружение Lokiarchaeota изменило наши представления о древнейшей жизни на Земле.

30

В нашей области исследований после защиты диссертации принято проводить несколько лет в качестве постдока в какой-нибудь лаборатории. В этот период вы углубленно занимаетесь наукой и ищете постоянную научную позицию.

31

Я подумала, что, если микробы этого типа в изобилии встречаются у берегов Северной Каролины, их должно быть немало и у берегов Дании, и оказалась права.

32

Вулканы такого типа образуются в результате периодических извержений за длительные периоды времени, из-за чего формируются высокие насыпи из чередующихся слоев лавы и золы.

33

Если хотите, отвлекитесь от чтения и загрузите Google Maps. В нижнем левом углу выберите функцию спутникового изображения. Вы сможете увидеть озеро и следы многочисленных извержений. Чуть к юго-востоку от действующего кратера находится старый кратер под названием Лагуна-Ботос, который в современную эпоху уже не проявлял активности.

34

Градиент вещества на мембране означает, что этого вещества на одной стороне мембраны больше, чем на другой, и поэтому система естественным образом стремится сгладить эту разницу, способствуя перемещению вещества через мембрану.

35

На самом деле функция отбеливателя как моющего средства для одежды или дезинфекции ванны в значительной степени основана на его мощном окислительном потенциале, а не на величине pH.

36

Это не относится к теплу, холоду или давлению. Клетки не могут оградить свое внутреннее пространство от их влияния.

37

Это основная ДНК-полимераза, которую используют для проведения ПЦР. – Прим. науч. ред.

38

В этом международном научном проекте участвовали чилийские коллеги Герхард Йессен, Дженни Блейми и Фелипе Агилера.

39

Другие множители в этом уравнении: универсальная газовая постоянная R и температура T (в кельвинах), а ln – символ натурального логарифма. Обсуждать их мы не будем, поскольку в нашем контексте это не нужно.

40

Конечно же, растения тоже используют диоксид углерода, но они не извлекают из него энергию напрямую. С помощью энергии фотонов света они превращают его в сахара и кислород.

41

Среди них: водород, ванадий, сурьма, хром, марганец, железо, кобальт, никель, медь, палладий, кислород, азот, углерод, фтор, хлор, сера, бром, селен, мышьяк, йод, золото, платина и другие элементы.

42

Эверетт Шок и Эрик Бойд выразились красочнее: “То, что способно воспламеняться, не подходит для еды” (Shock E. L., Boyd E. S. Principles of geobiochemistry. Elements. 11, 395–401 (2015)).

43

В качестве хорошего обзора советую работу Lu G.-S. et al., 2021.

44

Возможно, это слишком сильно напоминает вечный двигатель, но не беспокойтесь, при написании этой книги ни один закон физики не пострадал.

45

“Активность” химического вещества аналогична его концентрации, но учитывает влияние других химических соединений в реакционной среде на доступность этого вещества для конкретной реакции. Например, иногда соль “удерживает” химические молекулы, и поэтому, даже если в соленой и пресной воде концентрация вещества одинаковая, в соленом растворе оно будет менее активно участвовать в реакции.

46

Это главным образом микробы-бродильщики. Позже мы поговорим о них подробнее.

47

Нужно сделать еще несколько вещей, в частности, учесть изменение концентрации сульфатов за счет диффузии, уплотнения и адвекции, но